Élu membre de la Convention, Merlin participe à la rédaction du premier projet de code, présenté par Cambacérès en 1793 ; mais il n’approuve pas toutes les dispositions du texte. Le 23 août 1793, il critique le principe de l’égalité des époux pour l’administration de leurs biens : « Je pense que la femme est généralement incapable d’administrer, et que l’homme ayant sur elle une supériorité naturelle doit la conserver ». Sous le Directoire, Merlin ne participe plus aux tentatives de codification. Après le 18 brumaire, il devient magistrat au Tribunal de cassation. Si Bonaparte l’estime, il ne l’associe pas directement aux travaux de rédaction du Code. À défaut d’être l’un de ses auteurs, Merlin sera, en sa double qualité de chef du parquet de la juridiction suprême et de jurisconsulte, l’un des premiers responsables de l’application et de l’interprétation du Code.