Au lendemain du 18 Brumaire, les deux commissions législatives qui remplacent les Cinq-Cents et les Anciens sont chargées de préparer un Code civil. Jacqueminot dirige la rédaction de ce nouveau projet, auquel collaborent des hommes comme Cambacérès et Tronchet. L'esprit de cette nouvelle version est nettement conservateur. Jacqueminot évoque la nécessité d'une "épuration de nos mœurs" : il dénonce le "scandale de ces divorces continuels" et affirme que la réforme du Code civil restituera "à l'autorité paternelle le légitime empire qu'elle n'aurait jamais dû perdre". Ce projet fait figure de transition entre les ambitions révolutionnaires et les réalisations consulaires : les propositions de Jacqueminot (devenu sénateur dès décembre 1799) inspireront les rédacteurs du Code civil de 1804.