Élu membre du Conseil des Anciens, il critique en 1797 la législation révolutionnaire sur le divorce. Il s'oppose dans le même temps à la " dangereuse ambition " de faire un code civil. Victime du coup d'État du 18 Fructidor (4 septembre 1797), il se réfugie à l'étranger. Après le 18 brumaire, Portalis est autorisé à revenir en France ; il devient commissaire du gouvernement près le Conseil des prises et Bonaparte le désigne comme membre de la commission de la rédaction du projet de Code. Face à Tronchet et à Bigot, familiers de l'ancien droit coutumier, Portalis défend, avec Maleville, le droit romain. Par ailleurs, son intérêt pour les relations entre le droit, la morale, l'histoire et la philosophie le conduit à rédiger le célèbre Discours préliminaire. Nommé conseiller d'État dès septembre 1800, Portalis est l'un des acteurs majeurs des discussions du projet de Code. Parallèlement, il est chargé des questions religieuses. Il terminera sa carrière ministre des Cultes.