Tronchet effectue un retour dans la vie publique sous le Directoire : il siège alors au Conseil des Anciens, sans jouer un rôle politique majeur. Au début du Consulat, il est nommé membre puis président du Tribunal de cassation. Peu après, Bonaparte le désigne comme membre de la commission de rédaction du projet de Code civil. Il est le doyen d'âge et le président de cette commission. Selon l'expression de Napoléon, Tronchet a été l'âme du Code civil. Durant les discussions au Conseil d'État, il intervient fréquemment pour défendre le droit coutumier face aux partisans du droit romain que sont Portalis et Maleville. Son apport est particulièrement important en matière de successions et de communautés entre époux. Tronchet termine sa carrière avec le titre de sénateur.